随着新三板市场的不断壮大，国家不断出台针对新三板的税收政策。对于新三板交易过程中的涉税事项，是否要征收个人所得税目前还存在争议，具体存在两种观点。一是征收。依据是《中华人民共和国个人所得税法》及其《实施条例》规定：新三板交易属个人股权转让所得，应按“财产转让所得”项目，按股权转让的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额，适用20%的税率，计算缴纳个人所得税。《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）规定，个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。二是区分情况征收。依据是《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发〔2013〕49号）的规定，市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理。目前，上市公司投资者转让适用特殊性免税政策规定，依据是《关于个人转让股票所得继续暂免征收个人所得税的通知》（财税字〔1998〕61 号）规定，为了配合企业改制，促进股票市场的稳健发展，经报国务院批准，从 1997 年 1 月 1 日起，对个人转让上市公司股票取得的所得继续暂免征收个人所得税。《财政部、国家税务总局、证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔2009〕167号）第八条明确，对个人在上海证券交易所、深圳证券交易所转让从上市公司公开发行和转让市场取得的上市公司股票所得，继续免征个人所得税。而针对限售股，自2010年1月1日起，对个人转让上市公司限售股取得的所得按20%税率征收个人所得税。
　　针对上述观点，笔者认为如果全部征收，首先在法理上行不通，有悖于税收的公平性。从新三板的交易实质来看，无论是协议转让还是做市制度，进行的都是企业股权的转让，也是一种股票买卖行为。同是股票买卖，上市公司不征收，而非上市公司征收，对新三板的投资者不公平，不利于鼓励和保护新三板市场的健康发展。其次，税务机关征收难度大。股权交易是通过平台交易的，受让方不知晓出让方的信息和其持股成本，无法履行扣缴义务。此外，《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第二十二条规定：被投资企业发生个人股东变动或者个人股东所持股权变动的，应当在次月15日内向主管税务机关报送含有股东变动信息的《个人所得税基础信息表（A表）》及股东变更情况说明。现行的新三板股权交易方式，股权买卖双方是动态变化的不特定个人或者机构投资者，被投资企业无法及时获知其股权买卖双方的信息。二级市场交易既不会改变企业的所有者权益，其资金流向和交易活动都独立于挂牌企业本身。同时，《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十九条规定：个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关。股票交易双方在不同的交易客户端交易，可谓天南海北，交易双方、资金渠道只有券商营业部、中证登、股转系统才有信息。因此，税务机关很难联系到转让方。现有规定征缴股权交易个税缺乏应有的合理性与可操作性，导致实践中根本无法执行。
　　通过上述综合判断，笔者认为，依照现有的文件支撑，转让“新三板”的股票不得随意参考《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》相关政策。财政部、国家税务总局、证监会等相关部委应尽快出台相关政策，参照转让上市公司限售股所得征收个人所得税政策，如果转让方转让的新三板股票是原始股（含解禁前的送股），视同上市公司限售股一样征收，非限售股则不征税。同时，以个人股东开户的证券机构为扣缴义务人，由证券机构所在地主管税务机关负责征收管理。此外，界于新三板交易常用采取协议转让和做市转让等方式，其涨跌幅限制和上市公司涨跌幅限制不同，应按照证券机构事先植入结算系统的限售股成本原值和发生的合理税费，以实际转让收入减去原值和合理税费后的余额，适用20%税率，计算直接扣缴个人所得税。